Os NAPs são parte do Programa da Reitoria da USP de Incentivo à Pesquisa, cuja execução está a cargo da Pró-Reitoria de Pesquisa. Segundo consta no Artigo 1º da Resolução 3657, de 15/02/1990, "Núcleos de Apoio à Pesquisa são órgãos de integração da Universidade de São Paulo, instituídos com o objetivo de reunir especialistas de um ou mais Unidades e Órgãos em torno de programas de pesquisa de caráter interdisciplinar e/ou de apoio instrumental à pesquisa".